Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Tambakberas Jombang, telah dimulai sejak tahun 1954, dengan nama Madrasah Mu’alimin (Mu’allimat) Atas 4 tahun atau MMA yang didirikan oleh para Ulama dan diprakarsai oleh Al-Maghfurlah KH. Fatah Hasyim. Ciri khas utama MMA adalah merupakan lembaga pendidikan Pondok Pesantren dengan mengutamakan kajian kitab-kitab kuningnya dan berada di lingkungan Pondok Pesantren Bahrul Ulum Tambakberas Jombang Jawa Timur.
Seiring dengan kemajuan Madrasah dan tuntutan peningkatan mutu pendidikan nasional, maka pada tahun 1969 berdasarkan SK. Menag No. 23 Tanggal 4 Maret 1969, Madrasah Mu’allimin Mu’allimat Atas di Negerikan dengan perubahan kelas 1, 2, 3 menjadi Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTsAIN), dengan kepala sekolah Bapak Drs. H. Moh. Syamsul Huda As, SH., dan kelas 4, 5, 6 menjadi Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN), dengan kepala Al Maghfurlah KH. Al Fatich Abd. Rohim.
Dalam perkembangan berikutnya, agar Madrasah Aliyah Negeri (MAN) benar-benar dapat melaksanakan kurikulum Depag RI secara penuh dan Madrasah Mu’allimin Mu’allimat atas (MMA) tetap berjalan sesuai ciri khas utama Pondok Pesantren, yaitu kurikulum yang lebih banyak memporsikan kajian kitab-kitab kuning, maka Madrasah ini dipisahkan menjadi MMP dan MTsAIN (setingkat SLTP) dan MMA dan MAAIN (setingkat SMA). Dengan adanya pemisahan ini maka MAN Tambakberas Jombang dapat lebih fokus dalam pembinaan dan menjadi semakin berkembang hingga saat ini.